Deine Vorgehensweise ist auch die bevorzugte Variante (abgesehen vom ganzen Haus löschen)! In HomeKit auf die homee-Bridge gehen und unter Details von Home entfernen auswählen, dadurch wird diese von HomeKit entfernt und dein homee bekommt die Aktion ebenfalls mit, worauf die Verbindung als getrennt markiert wird. Trennt man hingegen nur die Verbindung von homee aus, können wir HomeKit nicht mitteilen, dass die homee-Bridge nun entfernt werden soll. 
Kannst du bitte nochmal wie folgt vorgehen:
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homee Apple HomeKit (Beta) deaktiviert und Home App „Mein Haus“ leer
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iPhone neu starten und mit WLAN verbinden
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homee Apple HomeKit (Beta) aktivieren
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iPhone Home App Gerät hinzufügen
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Code kann nicht gescannt werden drücken und da sollte nun dein homee sichtbar sein
Falls das nicht hilft, dann gerne den Support-Zugang an mich senden 